Edificata durante il papato di Clemente XI (1641-1721), che governava la regione, la torre di Portonovo era usata per avvistare i pirati.

Nel 1808 venne trasformata in fortino dalle truppe napoleoniche in guerra con gli inglesi. La sua struttura è bassa e quindi dall'orizzonte poco visibile: quando gli inglesi si avvicinavano tranquillamente alla costa, rimanevano sorpresi dall'attacco dei cannoni. Il fortino arrivò a contenere sino a 600 militari.

In seguito Napoleone donò il fortino al vicerè d'Italia, Eugenio di Beauharnais, per facilitare i commerci coi francesi.

Il fortino era importante anche per la presenza, al suo ínterno, di una fonte di acqua potabile, l'unica vicina al mare nella zona del medio Adriatico. Altri approdi erano nei pressi del Gargano e di Venezia.

Le navi si potevano avvicinare abbastanza alla costa, a causa del fondale relativamente alto, e quindi fare il carico d'acqua e viveri.

Da notare che il fortino non ha fondamenta. Ora è stato trasformato in un albergo.