I boot virus si propagano inserendo una copia di se stessi nel Boot Sector dei dischetti o nel Master Boot Record del disco fisso. Una volta riavviato il computer, la componente del sistema operativo che si occupa del caricamento, il bootstrap loader, porta in memoria il boot virus e lo mette in esecuzione.

I boot virus sono tipicamente più complessi da realizzare dei file virus, perché devono entrare in azione prima che sia caricato il sistema operativo. Devono essere anche implementati utilizzando pochissima memoria in modo da consentire loro di salvarsi nel boot sector di un dischetto, che è di soli 512 byte. Boot virus più lunghi si spezzano in una prima parte che invade il boot sector (o il master boot record) e che carica la seconda parte, e in una seconda parte che viene memorizzata in aree poco utilizzate del supporto di memoria di massa (per esempio l'ultima traccia del dischetto). Una volta in memoria, per replicarsi su altri dischetti, il boot virus deve intercettare le attività di lettura e scrittura del sistema operativo, facendo attenzione a non insospettire l'utente rallentando troppo le attività di accesso ai floppy.

Esempi noti di boot virus sono Brain, Ping Pong e Michelangelo [ The Probert E-Text Encyclopaedia ].