Già dal 1528 egli propugnava la pena di morte contro gli anabattisti. Ciò che di loro non sopportava era la "pubblica ribellione". Scrisse contro di loro la Lettera a due parroci sul ribattesimo (1528) e Contro gli ipocriti e i predicatori di soppiatto (1532).

Era noto, d'altra parte, che Lutero, soprattutto dopo la propria svolta reazionaria del 1521-23, era soprattutto contrario al reato di sedizione (p.es. il rifiuto di partecipare alla guerra per motivi di coscienza o di servire come magistrato).

Tuttavia, nonostante approvasse i metodi violenti usati dai principi per sterminare gli anabattisti, a volte, sul piano delle considerazioni umane, si chiedeva se fosse davvero giusto sterminare tutta quella gente.

Si può dire, in un certo senso, che la originaria predicazione di Lutero (quella appoggiata dalle masse popolari), fu portata avanti, oltre che da Thomas Müntzer, dagli stessi anabattisti.