L'insurrezione contadina nella Germania del XVI sec. fu preceduta da una serie di insurrezioni di portata più limitata, scoppiate nella valle del Reno e nei villaggi del Württemberg negli anni 1493, 1502, 1513 e 1514. Quella più a ridosso della guerra vera e propria fu la rivolta del Tirolo, presso i confini con la Svizzera, nel 1524.

L'inasprirsi del giogo feudale era divenuto tanto più pesante nelle campagne quanto più nelle città si sviluppavano i rapporti borghesi. In tal senso la risolutezza del movimento contadino e la radicalizzazione delle correnti riformistiche anticattoliche praticamente si influenzavano a vicenda.

Ovviamente laddove i contadini erano liberi possessori delle terre che lavoravano e avevano un libero accesso al mercato – come, per es., nei Paesi Bassi settentrionali –, le loro condizioni erano migliorate con la transizione ai rapporti capitalistici.

La Lettera degli articoli del 1525, redatta dal predicatore Christopher Schappeler e dal pellicciaio Sebastian Lotzer, a capo di un gruppo che si rifaceva alle idee di Müntzer, esigeva recisamente la fine del regime feudale e la realizzazione della democrazia sociale, cioè la redistribuzione delle terre, la fine delle corvées e delle tasse inique (come p.es. quella di successione), la parziale eliminazione e la comunalizzazione delle decime ecclesiastiche, i cui proventi sarebbero stati utilizzati esclusivamente per mantenere il parroco (le eventuali eccedenze sarebbero andate ai poveri), l'uso libero delle terre comuni (per la caccia, la pesca, il pascolo, il legnatico ecc.). Si chiedeva anche la libera elezione del parroco da parte dei villaggi e l'abolizione della pena di morte.

La novità stava nel fatto che mentre nelle rivendicazioni precedenti ci si rifaceva all'antico diritto consuetudinario (che poteva variare da luogo a luogo), qui invece ci si appellava al "diritto divino", secondo cui l'intera società avrebbe dovuto essere riformata in base alle prescrizioni della Scrittura. In pratica si poteva avanzare qualunque rivendicazione, in qualunque luogo, purché giustificabile con la Bibbia. Alla domanda su chi dovesse tradurre il diritto divino in diritto positivo, le comunità sveve rispondevano facendo i nomi degli intellettuali più in vista, tra cui anzitutto Lutero.

I Dodici articoli furono inviati a Lutero, che nell'aprile 1525 vi rispose con lo scritto Esortazione alla pace sui dodici articoli dei contadini della Svevia. Egli si rivolge ai principi e ai signori feudali cui rimprovera, come già al clero regolare e secolare, un atteggiamento bellicoso nei riguardi della predicazione evangelica. Tuttavia, quando si rivolge ai contadini li invita a essere pazienti e a non usare mezzi violenti.

Qui è bene ricordare che tra riforma protestante e guerra contadina ci fu un legame molto stretto sin dall'inizio, nonostante che la riforma abbia successivamente portato i migliori vantaggi (ma non in Germania) ai ceti borghesi. Il fatto è che senza l'appoggio delle grandi masse contadine, i ceti borghesi, ancora sociologicamente poco significativi, non sarebbero mai riusciti a imporsi su quelli feudali, e che se la guerra contadina fallì, ciò dipese anche dal fatto che la borghesia non rispettò i propri impegni, non volle essere coerente sino in fondo coi principi democratici professati, e questa debolezza, che agli occhi delle plebi urbane e delle masse contadine apparve come un vero e proprio tradimento, provocò addirittura un rafforzamento delle posizioni feudali e una stasi dell'economia tedesca che si trascinerà sino all'unificazione nazionale di 300 anni dopo, quando la Prussia, nel corso della guerra vittoriosa contro la Francia, riuscirà a imporsi su tutti gli altri lander.

A onor del vero va detto che il tradimento della borghesia è una costante di tutte le rivoluzioni borghesi in cui si trovano coinvolte masse contadine e proletariato urbano.  La differenza tra la Germania e gli altri paesi europei è che in quest'ultimi il tradimento servì a rendere la borghesia una classe dominante o comunque servì a costringere le classi possidenti a scendere a compromessi.

Il primo scontro sanguinoso avvenne alla fine del 1524, allorché nella città di Villingen il magistrato, dopo essere riuscito con false promesse a dividere gli insorti, fece piombare su di loro l'esercito.

La reazione dei contadini non si fece attendere: castelli e monasteri cominciarono ad essere occupati e distrutti. Tra le posizioni moderate, che chiedevano soltanto, tramite nuove intese, un'attenuazione degli oneri padronali, vi fu quella di Huldreich Zwingli, il quale a Zurigo ebbe successo tra i contadini più abbienti e meno clericali. Anche se, proprio grazie a Zwingli e ad altri predicatori che avevano insistito molto più di Lutero sul concetto di “comunità” come organismo che riuniva in sé sia i legami politici e sociali (consociativo-federativi), sia quelli religiosi, ogni città aveva il diritto di dirimere autonomamente le controversie dottrinali che sorgevano tra diversi predicatori (com’era accaduto appunto a Zurigo qualche anno prima della guerra dei contadini). Gli abitanti dei villaggi poterono così esprimere in un linguaggio religioso, comune a tutti, le loro aspirazioni all’autogoverno nei confronti dei principi e dei signori territoriali. Zwingli cadde nella battaglia di Kappel che vide lo scontro dei suoi seguaci con l’esercito dei cantoni cattolici nel 1531.

I contadini furono di nuovo attaccati nella primavera del 1525, questa volta dagli eserciti della Lega sveva, una federazione militare tra i principi e le città imperiali della Germania sud-occidentale. Pur essendo male armati e organizzati, essi, negli scontri militari con gli eserciti della reazione, sapevano difendersi egregiamente. Ma ciò che ad un certo punto li demoralizzò fu l'atteggiamento conciliante dei ceti borghesi, sia urbani che rurali, i quali, spaventati dagli esiti rivoluzionari dell'insurrezione e soprattutto dopo le prime sconfitte militari (a Leipheim il 4 aprile 1525 e a Böblingen il 12 maggio), presero a intavolare trattative segrete, finita la primavera del 1525, con le forze della reazione. In particolare due gruppi di ribelli (di Bodensee e di Allgau) condussero trattative di pace col conte Ugo di Montfort e i rappresentanti della città di Ravensburg. Al testo del patto Lutero aggiunse un'introduzione e una conclusione in cui dimostrava d'essere diventato molto ostile ai contadini che non aspiravano a una soluzione pacifica dei conflitti sociali.

I signori feudali, d'altra parte, riuscirono facilmente a trovare il modo di convincere i contadini meno radicali a desistere dalla rivoluzione: scaricarono sul clero, soprattutto quello regolare, che possedeva enormi ricchezze immobiliari, tutte le contraddizioni del regime feudale.

Il Programma di Heilbronn, redatto da Wendel Hipler, capo della cancelleria dei contadini di Franconia, nobile di origine e borghese di condizione, chiedeva di trasferire all'imperatore tutti i poteri di far diventare i principi dei funzionari statali, di privare il clero di ogni potere mondano, confiscandone i patrimoni, di istituire dei tribunali elettivi, di unificare a livello nazionale la moneta, le misure e i pesi, di abolire le tariffe doganali interne, di proibire l'usura e di trasformare la proprietà fondiaria da feudale in borghese.

Dunque anche in Franconia, come già nell'Alta Svevia, il destino dei contadini insorti era segnato, e infatti gli eserciti imperiali ebbero facilmente la meglio.

Non restavano che la Sassonia e la Turingia, dove le forze residue (circa 8.000 contadini) erano capeggiate da Müntzer. Ma anche qui non ci fu storia: la scarsa preparazione militare dei contadini si rivelò decisiva nello scontro armato nella città di Frankenhausen contro i lanzichenecchi guidati da Filippo d'Assia, Giorgio di Sassonia ed Enrico di Braunschweig (principe luterano il primo, cattolici gli altri due), nel maggio 1525. Vi morirono 5.000 contadini e lo stesso Müntzer, straziato dal boia e decapitato. Lutero, nel testo Una terribile storia e un giudizio di Dio sopra Thomas Müntzer, considerò l'eccidio un segno della giustizia divina.

Dopo quella terribile primavera del 1525, il movimento perse terreno; altre fiammate rivoluzionarie, con punte notevoli di organizzazione politico-militare, si ebbero in zone periferiche dell’Impero, tra cui il Tirolo, dove emerse la figura di Michael Gaismair. Questi moti, però, a differenza dei precedenti, ebbero soltanto una dimensione regionale.

Sul ruolo politico-rivoluzionario di Müntzer, nelle vicende complessive dell'insurrezione, forse la storiografia marxista ha un po' esagerato, allo scopo di denunciare con più vigore, indirettamente, il fatto che la borghesia si comportò nel peggiore dei modi: in realtà Müntzer si trovò ad operare in un territorio relativamente marginale rispetto ai grandi scontri armati. Anche se uno dei punti più alti della lotta contadina fu raggiunto proprio con la Comune di Münster, negli anni 1534-35, in cui gli anabattisti (seguaci di Müntzer) riuscirono a impadronirsi della città, cacciandone il vescovo-conte. Assediata dalle truppe imperiali, la città riuscì a resistere 14 mesi.

Nel complesso i principali artefici, materialmente, della disfatta militare della guerra contadina (che si era sviluppata da Berna a Lipsia, da Besançon a Linz, lungo due assi di oltre 600 km) furono il duca di Lorena in Alsazia, il langravio Filippo d'Assia in Turingia, Georg Truchsess von Waldburg in Svevia e Franconia.